この日は富士山を一周した後，スバルラインを富士山5合目まで、今大会最大標高差の1400mを一気に上るコース。ついに本格的な山岳コースへと突入する。

序盤，緩やかな登りに続き富士宮までの下りの間、集団での走行が続く。主に京大自転車競技部の選手が集団の前に立ち、高速で集団を引いた。サイクリング部の選手の中にはこの慣れない高速の集団走行に恐怖を感じていた者もいたようだ。この様な集団走行が今後も見られるのかと思われたが、結局これから後はスタート直後の登りですぐに集団がばらける展開となり、後にも先にも1回きりとなった。この集団の中で、高橋（京大BOMB）が壊れたフレームポンプを突然投げ捨てるという行動に出て、さらにこのポンプが回りの選手の自転車に当たるというハプニングがあったが、幸いにも何事もなく事は済んだ。

集団がばらけたのは23.2km地点の県道72号への左折のところからであった。リーダージャージを着る東後が初めに飛び出し、これを何人かの選手が追った。スカイラインの登りに入ると桜井（摂南大）がアタック。これに庄司（東京農工大）・東後らが反応して先頭集団を形成した。後続では中村・近藤らが第2集団を形成すると共に、徐々に後方へ去っていく選手が現れ始めた。登り中盤で桜井・庄司らは後続集団に吸収され、再びその中から東後が飛び出して初の山岳ポイント地点を首位で通過。カテゴリー1の1位通過30ポイントを獲得した。2位を中村、3位を近藤がほぼ並んで通過し、3人の先頭集団となって下りに入った。

この後、富士登山駅伝により一時中断するが，時間差を付けて再スタート。終盤はチェックポイントですぐさま走り出した近藤・中村が先行する。後続では、東後・小嶋・山本・青石らの集団が先行を追った。後続集団からは篭坂峠で小嶋がアタック。峠を3位で通過するが、峠で再び集団に戻った。またここで、それまで良い走りを見せていた斎藤がパンクし、後退する。

スバルラインに入り近藤が単独で逃げを決めて優勝。前日首位の東後に13分の差を付け，リーダージャージを獲得した。また、カテゴリー超級の富士五合により山岳ポイントでも近藤が首位に立った。最後のスバルラインではハンガーノックによる疲労者が続出。2位につけていた中村を初め、ほとんどの選手が疲労と補給のために途中で止まるなどしていて、補給の重要性を再認識した。その中で最後までペースを保ちながら走り続けていた小嶋がステージ2位でゴール。1回生の小嶋の健闘に皆が驚く中、総合でも13分10秒遅れ、3位東後に1分44秒の差を付け2位に浮上した。